巧克力囊肿做试管婴儿成功率需要根据囊肿的大小来决定，如果只是比较小的巧克力囊肿，是可以去做试管婴儿的，而且并不会影响试管成功率，但是如果说这个巧克力囊肿比较大，通常建议先进行手术剥除囊肿之后，然后再做试管婴儿，主要是由于当巧克力囊肿比较大的时候，可能会影响取卵，除此之外在做巧克力囊肿剥除的时候，会做通液或者是腹腔的冲洗，可以改变盆腹腔的局部环境，对于做试管婴儿来说，是可以增加成功概率的。
巧克力囊肿做试管成功率高吗？
是否可以进行试管需要根据巧囊的大小来决定，如果巧囊较大是会影响到试管成功率的，对于处于试管周期的巧囊患者可以通过以下几点得出想要的结果：
巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变，正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经，如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿;
这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如果病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，就会使卵巢增大，形成内含陈旧积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，很像巧克力，所以称之为“巧克力囊肿”;
有一点值得欣慰的是巧克力囊肿很少会发生恶变，虽然巧克力囊肿是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。
一、痛经、性交疼痛、月经失调是巧克力囊肿明显的症状，引起巧克力囊肿的主要原因是内分泌因素，卵巢是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，内分泌的失调会导致体内垃圾不能及时排出，堆积于卵巢内形成囊肿;对于患有巧克力囊肿的准妈妈来说，正常备孕怀上宝宝的几率是非常小的了，试管婴儿备孕会大大提高巧克力囊肿准妈妈的受孕几率!当然，并非所有患有巧克力囊肿的准妈妈都适合试管备孕，需要根据准妈妈身体的具体情况而定。
二、如果囊肿小于4cm，痛经较轻，可以先不处理巧克力囊肿直接进行试管婴儿备孕，怀孕后如果子宫内膜不会脱落出血，那么巧克力囊肿就会逐渐萎缩掉，有时怀孕甚至可以缓解巧克力囊肿;如果囊肿大于4cm且备孕失败过，可以详细咨询生殖主治医生，再决定是要先进行试管备孕还是先进行手术切除巧克力囊肿，另外有一点要注意的是：如果你咨询的是妇科医生，她们可能会让你直接手术切除巧克力囊肿，这可能会破坏掉卵巢的功能，致使术后出现没有卵泡的情况，这对于准妈妈备孕来说是一件极为可怕的事;
当然，巧克力囊肿不会随着时间而自行好转，且也没有很好的药物可以，那么，就要具体根据准妈妈的情况来制定备孕及治疗方案。